Desenvolvimento de marcadores microssatélites e avaliação filogenética de Hemisorubim platyrhynchos (Valenciennes, 1840).
NGS; Aquicultura; Marcadores genéticos.
A conservação dos recursos pesqueiros é essencial devido ao seu valor econômico e social. Hemisorubim platyrhynchos (“jurupoca”), é uma espécie valorizada pela aquicultura, mas enfrenta desafios devido à falta de dados genéticos. Este projeto utiliza tecnologias de sequenciamento de novo e marcadores genéticos para melhorar o conhecimento sobre a espécie, visando apoiar práticas sustentáveis de conservação e manejo. Os dados gerados auxiliarão na aquicultura sustentável de H. platyrhynchos, além de fornecer informações para o melhoramento genético da espécie. Amostras de DNA serão submetidas a sequenciamento de novo utilizando a plataforma Illumina. Os dados do sequenciamento serão avaliados pelo programa FastQc, para controle de qualidade. A montagem do genoma será feita através dos programas SOAPdenovo2 e SPADES e a qualidade dos contigs será avaliada utilizando o software QUAST. A identificação dos marcadores microssatélites será feita na ferramenta MISA com os parâmetros de seleção de mono a hexanucleotídeos. Para análise filogenética, serão formados outgroups a partir de dados de todas as espécies de peixes dispostas no MicroSatellite DataBase e serão geradas árvores filogenéticas utilizando-se o programa MEGA-X com visualização e edição gráfica no programa FigTree v.1.4. Assim, busca-se desenvolver um painel de marcadores microssatélites específicos para H. platyrhynchos, permitindo análises de distância genética com outras espécies de peixes. Também espera-se publicar o genoma parcial da espécie junto aos loci de microssatélites identificados.