Banca de QUALIFICAÇÃO: DÁRCIA GABRIELA BORCEM DA COSTA
Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.DISCENTE : DÁRCIA GABRIELA BORCEM DA COSTA
DATA : 04/08/2023
HORA: 14:00
LOCAL: ISARH, sala B
TÍTULO:
Desenvolvimento de marcadores microssatélites para Leiarius marmoratus como estratégia para análise de distância genética e ferramenta para o Melhoramento Animal
PALAVRAS-CHAVES:
Bagre; Filogenia; Marcadores moleculares; NGS.
PÁGINAS: 20
RESUMO:
A Leiarius marmoratus (GILL, 1870), denominada popularmente como “jundiá-da-amazônia”, apresenta grande potencial aquícola em programas de melhoramento genético para aumento de desempenho zootécnico relacionado ao vigor híbrido. Estações de piscicultura têm explorado comercialmente o híbrido “pintado-da-amazônia” obtido pelo cruzamento fêmea Pseudoplatystoma punctifer x macho Leiarius marmoratus. Desse modo, investigações de relação genética são cruciais para maior exploração de L. marmoratus em programas de melhoramento genético. Assim, objetiva-se desenvolver marcadores microssatélites para L. marmoratus com a finalidade de caracterização filogenética entre distintas espécies de peixe. Inicialmente, amostra de DNA de alto peso molecular será submetida ao sequenciamento de nova geração pela a plataforma Illumina, utilizando os sistemas MiSeqTM e HiSeqTM. O produto do sequenciamento será avaliado pelo programa FastQc com relação aos parâmetros de qualidade média total por base, qualidade média por read e conteúdo GC das sequências. A filtragem de dados será realizada para controle de qualidade de bases e remoção de adaptadores, baseada no score de Phred mínimo de 20. A montagem de novo do genoma será testada nos programas SOAPdenovo2 e SPADES, cuja qualidade dos produtos gerados será verificada pelo programa QUAST. Para identificação dos marcadores microssatélites, será utilizado o software MISA com os parâmetros de seleção de 1 a 6 motivos de repetição. A análise filogenética será feita a partir da formação de outgroups, utilizando dados de todas as espécies de peixes dispostas no repositório MicroSatellite DataBase para geração de árvores filogenéticas pelos métodos Maximum Likelihood, Maximum Parsimony e Neighbour Joining, utilizando o programa MEGA-X com visualização e edição gráfica no programa FigTree v.1.4. Assim, espera-se obter relação de marcadores microssatélites compartilhados entre L.marmoratus e outras espécies de peixes, bem como um painel de marcadores microssatélites próprios para a espécie. Gerando, portanto, ferramentas para exploração de recursos genéticos e aplicação em programas de melhoramento genético da espécie nativa.
MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1957010 - MARILIA DANYELLE NUNES RODRIGUES
Interno - 1312697 - MARCUS DE BARROS BRAGA
Externa ao Programa - 3346393 - ANA PATRICIA BARROS CORDEIRO
Externa à Instituição - REGIANNE MACIEL DOS SANTOS CORREA