Banca de QUALIFICAÇÃO: ROSYELY DA SILVA OLIVEIRA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : ROSYELY DA SILVA OLIVEIRA
DATA : 25/08/2023
HORA: 14:00
LOCAL: Sala B
TÍTULO:

MONTAGEM, PREDIÇÃO GÊNICA E ANOTAÇÃO DO GENOMA DA CYNOSCION ACOUPA (Lacepède, 1801)

PALAVRAS-CHAVES:

Genoma, Montagem de Genoma, Predição Gênica, Pescada Amarela

PÁGINAS: 34
RESUMO:

O progresso da tecnologia vem proporcionando um grande avanço na ciência e com a chegada das descobertas em nível genômico, sendo necessário investir na biotecnologia e na bioinformática. Com o sequenciamento do genoma humano nas últimas décadas, abriu-se uma nova porta para o sequenciamento de diversas espécies e como isso um maior desenvolvimento científico para a humanidade. A aquicultura no Brasil teve resultados positivos em 2020, onde a produção nacional alcançou 802.930 toneladas. O Cynoscion acoupa é um peixe popularmente conhecido como pescada-amarela, encontrado principalmente no litoral norte e tem um grande valor econômico principalmente para fins gastronômicos. Mais recentemente foi observado um material chamado "isinglass", encontrado na bexiga natatória da pescada amarela, que vem sendo utilizado como matéria prima em diversas áreas do mercado, como por exemplo na indústria farmacêutica, civil, alimentício, entre outros. O trabalho tem como objetivo montar o genoma, fazer a predição de genes e realizar a anotação funcional da espécie C. acoupa. Realizando a coleta dos espécimes nas regiões de Salinópolis-PA, Bragança-PA e na costa do Amapá, posteriormente foi feita a coleta do DNA de 5 C. acoupa, onde foi escolhida a melhor amostra para dar prosseguimento ao estudo. Através dessas amostras, foi feito o sequenciamento do genoma completo dos indivíduos capturados, com duas bibliotecas pareadas paired-end short insert (2 x 250 pb) DNAseq construído com o Kit Illumina DNA prep, utilizando a plataforma de sequenciamento NovaSeq SP 6000 Illumina, produzindo dados brutos. Posteriormente, foi utilizado o FASTQC para verificar a qualidade do sequenciamento. A partir das sequências geradas será feita a montagem de novo do genoma utilizando o montador ABYSS. O alinhador BOWTIE-2 será usado para alinhar os contigs e scaffolds com o genoma de uma espécie filogeneticamente próxima, a ferramenta GeneMark para a predição gênica e o software BUSCO para a anotação do genoma, para que enfim possa deposita-lo no NCBI. Através dos resultados, espera-se trazer novas informações sobre o sequenciamento do genoma e a sua qualidade, juntamente com a publicação desses dados para estudos futuros.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1312697 - MARCUS DE BARROS BRAGA
Externo ao Programa - 1210306 - FABRICIO ALMEIDA ARAUJO
Externo ao Programa - 3216540 - LEONARDO CASTELO BRANCO CARVALHO
Externa à Instituição - REGIANNE MACIEL DOS SANTOS CORREA