Banca de DEFESA: JAMES SIQUEIRA PEREIRA

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : JAMES SIQUEIRA PEREIRA
DATA : 05/04/2021
HORA: 09:00
LOCAL: Videoconferência
TÍTULO:

IDENTIFICAÇÃO IN SILICO DE ALVOS VACINAIS EM DADOS GENÔMICOS DE Corynebacterium striatum

PALAVRAS-CHAVES:

Biologia computacional. Genômica comparativa. Pangenômica. Vacinologia reversa.

PÁGINAS: 56
RESUMO:

A Corynebacterium striatum é uma bactéria Gram-positiva que integra a flora comum da pele dos seres humanos, contudo infecções nosocomiais causadas por C. striatum em UTI são relatadas desde 1996 e além disso, essa bactéria tem sido considerada como um patógeno emergente à resistência de múltiplas drogas. Abordagens in silico vêm sendo utilizadas na identificação de alvos para produção de vacinas e entre as quais destacam-se duas: a genômica subtrativa e a vacinologia reversa. Ambas permitem identificar genes não homólogos ao genoma do hospedeiro e determinar genes essenciais à sobrevivência do patógeno elencando candidatos como alvos de novas vacinas. Diante deste cenário, o presente trabalho teve como principal objetivo identificar in silico potenciais alvos para desenvolvimento de vacinas para C. striatum. Para esse estudo, as sequências genômicas foram baixadas do banco de dados do NCBI e anotadas de maneira automática pelo software PROKKA. A identificação do pangenoma foi realizada no Orthofinder e as análises de desenvolvimento foram performadas por scripts in house segundo a lei de Heap. As análises de filogenética e a predição das ilhas de patogenicidade foram performadas Gegenees e Gipsy, respectivamente. Os genes essenciais ao patógeno foram identificados no genoma central da espécie pelo banco de dados do DEG por meio da ferramenta genoma BLAST, nele presente. Os genes identificados como essenciais foram alinhados como o proteoma humano pela ferramenta BLASTp do NCBI e somente as proteínas sem nenhuma homologia foram selecionadas. Essas proteínas tiveram sua localização subcelular predita pelo servidor PSORT e aquelas identificadas como proteínas de membrana plasmática foram submetidas a verificação de atividade antigênica no software VaxiJen 2.0, com limiar igual 0.5. Foram preditas 632 ilhas de patogenicidade, entre as quais 248 delas demonstraram homologia entre si. Para as 33 sequencias disponíveis no NCBI para C. striatum o pangenoma foi estimado em 3.255 genes dos quais 1.426 correspondem ao genoma central da espécie. As análises de subtração identificaram 2 proteínas como essenciais, não homólogos ao homem e presentes na membrana e ambas foram consideradas antigênicas e apontadas como melhores candidatos alvos para produção de vacina para C. striatum.

MEMBROS DA BANCA:
Externo à Instituição - VASCO ARISTON DE CARVALHO AZEVEDO - UFMG
Externa à Instituição - ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO FOLADOR - UFPA
Presidente - 059.608.546-00 - LUIS CARLOS GUIMARÃES - UFPA
Externo à Instituição - ROMMEL THIAGO JUCA RAMOS - UFPA
Externo à Instituição - SIOMAR DE CASTRO SOARES - UFTM